Im „Civil War“ im Dienst der US Navy
Die „Harriet Lane“ wurde am 30. März 1861 erneut von der Marine in Dienst genommen, um bei der Expedition nach Charleston, South Carolina, zur Entsetzung der Garnison von Fort Sumter eingesetzt zu werden.
Das Gefecht um Fort Sumter wird als Beginn des Bürgerkrieges angesehen; die wichtige Festung war vor den Kampfhandlungen 4 Monate belagert
Die „Harriet Lane“ verließ New York am 8. April und kam am 11. April von Charleston an.
Am Abend des 11. April beschoss sie das Handelsdampfschiff „Nashville“als dies ,ohne Flagge zu zeigen, in Sicht kam. Die „Nashville“ vermied einen weiteren Beschuss und hisste prompt die Flagge der Vereinigten Staaten.
Laut dem Historiker Horatio Davis Smith feuerte Lieutenant W. D. Thompson mit dem 32Pfünder-Geschütz der „Harriet Lane“ auf die „Nashville“ den ersten Schuss eines Schiffes im amerikanischen Bürgerkrieg ab.
Als Major Robert Anderson am 13. April kapitulierte und Fort Sumter an die Konföderation übergab, zog sich die „Harriet Lane“ mit ihren Schwesterschiffen zurück.
Am 5. Juni 1861 nahm sie unter dem Kommando von Captain John A. Faunce an der der Schlacht von Pig Point, Virginia teil. Dort war sie aufgrund ihrer relativ schwachen Bewaffnung allerdings nicht von großem Gewicht.
Später wurde dehalb ihre Bewaffnung auf die oben genannte Bestückung verstärkt.
Ihr nächster wichtiger Einsatz erfolgte im folgenden Sommer, als eine Task Force gegen Fort Clark und Fort Hatteras (North Carolina) und für den Blockadedienst in dem Raum aufgebaut wurde.
Die Schiffe wurden am 26. August 1861 von Hampton Roads aus für die erste wichtige kombinierte amphibische Operation des Krieges eingesetzt. Am folgenden Morgen liefen die „Harriet Lane“, die „Monticello“ und die „Pawnee“ dicht unter die Küste,
um die Landungen direkt zu unterstützen, während größere Schiffe die Festungen aus tieferem Wasser angriffen. Der letzte Widerstand brach am folgenden Nachmittag.
Dieser Sieg war von hoher Bedeutung, denn er stärkte die geschwächte Kampfmoral der Union, die einen Monat zuvor durch die Niederlage in der ersten Schlacht von Bull Run sehr gelitten hatte.
Von noch größerer Bedeutung war die Tatsache, dass diese kombinierte Operation die Binnenwasserstraßen für Schiffe der Union öffnete und der Nordatlantik-Blockadeflotte eine Basis tief in den südlichen Gewässern schuf.
Die „Harriet Lane“ lief am 29. August auf Grund, als sie versuchte, durch den Hatteras Inlet in den Pamlico Sound einzudringen, und erlitt bei der Grundberührung schwere Schäden.
Sie wurde durch das Überbordbringen ihrer Bewaffnung, Takelung und Vorräte wieder flott gemacht. Nach provisorische Reparaturen, die am 3. September abgeschlossen wurden, nahm sie Kurs auf die Hampton Roads und kam dort am 8. September 1861 an.
Die „Harriet Lane“ lief am 10. Februar 1862, wieder aus, um sich der Mörser- Flottille von Commander David Dixon Porter in Key West anzuschließen, wo sich Einheiten für einen Angriff auf konföderierte Forts im Mississippi River Delta unterhalb von New Orleans versammelten.
Comdr. Porter startete in Washington. Während ihrer Überfahrt nach Hampton Roads wurde die „Harriet Lane“ von der konföderierten Shipping Point-Batterie, Virginia, unter Beschuss genommen,
wobei Treffer ihrem Backbordrad einen solchen Schaden zufügte, dass sich ihre Abreise nach Key West um weitere zwei Tage verzögerte. Am 24. Februar kaperte sie vor Florida den konföderierten Schoner „Joanna Ward“.
Die „Harriet Lane“ war anschließen in der West-Golf-Flotte unter dem Kommando von Commodore Farragut gegen die konföderierten Flotten in Louisiana und Texas eingesetzt.
Unter dem Kommando von Commander Jonathan M. Wainwright und Lieutenant Commander Edward Lea wurde sie von Farragut als Flaggschiff benannt, bis er am 20. Januar die USS Hartford dafür einsetzte.
Das Schiff erhielt den Befehl, sich einer Flotte unter dem Kommando von Captain David D. Porter an der Mississippi-Mündung anzuschließen. Am 4. März 1862 lief diese Flotte aus, um die konföderierten Festungen südlich von New Orleans anzugreifen.
Die „Harriet Lane“ lief flussaufwärts um am 8. April Fort Jackson einzunehmen und lief von dort am 24. April wieder aus. Am nächsten Tag wurde New Orleans eingenommen
.
Die „Harriet Lane“ wurde dann am 29. Juni 1862 eingesetzt, um die Batterien von Vicksburg anzugreifen.
Farragut befahl am 1. Mai die Mörserflottille nach Ships Island, und die „Harriet Lane“ lief von dort weiter nach Pensacola, Florida, wo sie die Truppen von Brigadegeneral Lewis G. Arnold von Fort Pickens auf die andere Seite der Bucht transportierte.
Dort besetzten die Truppen die Forts Barrancas und McRee und die von den Konföderierten verlassen Kasernen und die Marinewerft.
Nach der Rückkehr nach Ships Island zur Reparatur am 30. Mai bereitete sich Harriet Lane darauf vor, mit den Mörserbooten Porters den Mississippi hochzulaufen, um die feindlichen Batterien auf den Klippen von Vicksburg, Mississippi, zu anzugreifen,
während Farragut diese Flussfestung passierte, um sich Flaggoffizier Charles Henry Davis anzuschließen, um dann das gesamte Mississippi-Tal von Hindernissen für die Unionsschifffahrt zu befreien.
Allerdings scheiterte das Unternehmen, denn es wurden nicht genügend Bodentruppen zur Verfügung eingesetzt, um Vicksburg einzunehmen,
und nach einer frustrierenden Begegnung mit dem neuen Ironclad CSS Arkansas passierte Farragut auf dem Rückzug erneut die Batterien von Vicksburg,
während die „Harriet Lane“ und ihre Schwesterschiffe diesen Rückzug der Mörserflottille durch die Bombardierung der Batterien der Konföderierten am 15. Juli erneut deckten.
Im September wurde sie als Teil einer Blockadeflotte unter dem Kommando von Commodore Eagle nach Galveston, Texas, geschickt, denn dessen Flaggschiff war zu groß, um auf dem Fluss eingesetzt zu werden.
Am 4. Oktober griff die „Harriet Lane“ den Hafen von Galveston an. Mit der Beschießung von Fort Point und den Küstenbatterien begann die wichtige Schlacht von Galveston.
Am 9. Oktober landeten die Marines der Union, um n Galveston die Flagge der Vereinigten Staaten zu hissen, und der Schlüssel zur Stadt wurde dem Kapitän der Harriet Lane, Captain Wainright, übergeben.
Unionstruppen, die auf den Schiffen für diesen Angriff bereitstanden, besetzten zwar die Stadt, mussten sich aber jede Nacht zu den Docks zurückziehen, da die Kavallerie der Konföderierten jeden Abend die Stadt angriff. Die Schiffe beschossen in dieser Zeit die Stadt mehrfach.
Am frühen Morgen des 1. Januar 1863, als fast alle Schiffe, einschließlich der „Harriet Lane“. In Galveston im Kanal vor Anker lagen, wurde das Nahen konföderierter Streitkräfte gemeldet.
nur die „Westfield“ sofort manöverbereit war, lief sie flussaufwärts, um die sich nähernden konföderierten Schiffe zu bekämpfen.
Die „Westfield“ lief zwar auf Grund, doch der Angriff der konföderierten Schiffe lies nach und wurde als Rückzug angesehen, und der Alarm wurde aufgehoben.
Eine konföderierte Landstreitmacht unter dem Kommando von General John B. Magruder näherte sich aber indessen Galveston auf dem Landweg und griff im Frühmorgen an.
Um vier Uhr eröffneten die von Konföderierten aus wiedereroberten Festungen von Galveston das Feuer auf die Flotte der Union, während ihre Bodentruppen versuchten, die verankerten Schiffe zu entern.
Diese wurden außerdem durch zwei Schiffe der Konföderation angegriffen, der CS Neptune und das Kanonenboot CS Bayou, einem sogenannten „Cottonclad“. Begleitet waren diese Kriegsschiffe von mehreren Booten; an Bord der Schiffe waren Scharfschützen und Entermannschaften.
Die „Harriet Lane“ versenkte in dem Gefecht den Schlepper CS Neptune, dessen Mannschaft die „Harriet Lane“ entern sollte und das Schiff gerammt hatte.
Die CS Bayou City ermöglichte es aber den Soldaten der Konföderation letztlich unter heftigem Feuer die „Harriet Lane“ zu entern, wobei Wainright fiel und Lea tödlich verletzt wurde.
Die drei Schiffe waren während des Gefechtes durch das Rammen ineinander verhakt; das Lösen war nach der Kapitulation eine komplexe Aufgabe; auch die noch schwimmfähigen Schiffe waren schwer beschädigt.
Die USS Owasco versuchte, die „Harriet Lane“ nach der Kapitulation zu versenken und brachte dem Schiff weitere schwere Schäden bei; das Ziel, das Magazin zu treffen, wurde nur knapp verfehlt.
Das Flaggschiff der Flotte, die „Westfield“ wurde, auf Grund liegend, gesprengt, und die übrigen Unionsschiffe flohen nach New Orleans und ließen die „Harriet Lane“ in konföderierten Händen.
Diesen fiel dabei eine Kopie des US-amerikanischen Signaldienstcodebuchs in die Hände.