Eine "Abtrennung" benötigst Du auch nicht.
Wie Martin schon schrieb, einfach sauber markieren. Ich nehme immer einen Fineliner, also ein Stift mit sehr dünner Mine. Ein gut angespitzer Bleistift geht natürlich auch. Aber nicht zu kräftig drücken um den blauen Lack nicht zu beschädigen.
Ich markiere die Höhe der Wasserlinie immer mit "gestapelten" Legosteinen. Einfach Legosteine zusammenbauen, auf die entsprechende Höhe, und den Stift darauf fest fixieren. Dann kann man auf einer ebenen Fläche sauber einmal herummalen. Natürlich daran denken, daß der Stift auch noch eine gewisse Höhe mitbringt, wenn er irgendwo draufliegt.
Anschließend, wie Martin schon schrieb, einfach sauber entlang der Linie abkleben.
Mußt mal schauen, ob am Heck die Wasserlinie tatsächlich etwas nach oben verläuft. Hier vielleicht nochmal Vorbildbilder googlen. Fiel mir gerade erst selbst auf, daß der Verlauf der Wasserlinie hinten höher ist.