Klar is es einfacher zuerst lackieren und dann die Scheiben rein, nuuuuur löst mancher Kleber die Farbe an

OK, Klarsichtteile kleb ich mit Weissleim ein

Ausserdem hast im Normalfall 2 Rumpfhälften die du miteinander verkleben musst

Geht meistens nicht ohne Spachteln und Schleifen ab

womit du dir die Lackierung sowieso wieder ruinierst
Fazit: wenn du's später montieren kannst (Kanzeln z. B.)

ansonst einkleben und maskieren
Das Ganze is natürlich nur meine Ansicht und Erfahrung